# Octopus编译与安装 ## 1. 简介 - Ocotpus 是一款科学计算软件，可以对多种不同体系进行从头计算(ab initio)的模拟。在密度泛函理论(DFT)的理论框架下用量子力学来描述电子, 而核用经典的点粒子描述，电子-核相互作用以赝势近似来描述。Octopus可以进行基态计算，也可以利用时间密度泛函(TDDFT)进行时间依赖的模拟。 - Octopus 还支持MPI和OpenMP来进行并行计算，也支持OpenCL和CUDA利用GPU计算 - Octopus是一款Linux系统下的免费软件，在GNU通用公共许可证框架下发布，你可以免费下载，使用，修改。 - Octopus的安装过程比较复杂，因为它有很多依赖库。笔者根据octopus官网提供的详细安装指南，在此分享如何在个人计算机 CentOS7.9 系统中安装Octopus的全过程。 ## 2. 编译器相关 ### 2.1 编译器 * Octopus的代码使用标准 Fortran 2003写成，还有一些例程(routines)是使用C语言编写，所以我们需要一个C编译器和Fortran 2003 编译器。命令行下直接使用`yum`命令安装即可。 ```bash $ sudo yum install gcc #C 编译器 $ sudo yum install gfortran #fortran 编译器 ``` *注：最好使用gnu 8.3.0或更高版本* - 检查是否已经安装过gcc，可以输入以下命令： ```bash gcc --version #意为查看gcc的版本 ``` - 如果已经安装，则会输出相应版本号： ```bash gcc (GCC) 8.3.0 Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc. This is free software; see the source for copying conditions. There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. ``` ### 2.2 编译器标志 - 通常编译器标志(Compiler flags)为系统自动选择的优化标志，但在安装Octopus过程中，需要我们指定标志，亲测使用不同标志会导致安装报错。这里，C编译器标志指定为 -O3(大写字母O)，fortran编译器标志为 -O3 -ffree-line-length-none ，目前还不需要指定操作，在后面安装依赖库的时候才需要指定标志。 --- ## 3. 依赖库 ### 3.1 依赖库的安装 1. 首先，`make`, `automake`, `m4`, `libtool` 这几个包是必要条件，可以直接用`yum`安装，使用`-–version` 来检查是否安装成功。 ```bash sudo yum install make sudo yum install automake sudo yum install m4 sudo yum install libtool ``` - 其中make和automake是重要的编译工具，在linux环境下安装软件，一般都通过 配置->编译->安装 这个过程实现，即： ```./configure -> make -> make install``` - `m4`是是一个通用的宏处理器，大多数人需要 `m4` 仅仅是因为 `GNU autoconf`中的 `configure` 脚本依赖它。 - `libtool`是处理动态链接库的工具，可以解决库依赖的问题，将使用动态库的复杂性隐藏在统一、可移植的接口中。 2. 接下来还有5个数学库：`BLAS`，`LAPACK`，`GSL`，`FFTW3`，`LibXC`，下面逐一介绍。 - 在安装数学库之前，我们先创建一个文件夹来作为各种库的安装位置，一般放在`/opt/libraries`。 ### 3.2 安装BLAS - BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms)即基本线性代数子程序，提供用于执行基本矢量和矩阵运算的标准构建块的例程。1级BLAS执行标量，矢量和矢量-矢量运算，2级BLAS执行矩阵矢量运算，3级BLAS执行矩阵运算。 由于BLAS高效，便携且广泛可用，因此它们通常用于开发高质量线性代数软件，例如`LAPACK`。 - 首先在网上下载压缩包：blas.tgz[http://www.netlib.org/blas/blas.tgz] - 解压压缩包并进入新创建的 BLAS 文件夹 - 编辑 `make.inc` 文件，并修改`fortran`编译器的标志为：(可以不做修改如果不报错的话) ```bash FORTRAN = gfortran OPTS = -O3 -ffree-line-length-none DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = LOADER = gfortran LOADOPTS = ``` - 接下来使用`make`命令来进行编译，这会花费一段时间。 ```bash make ``` - 然后在当前路径下创建新文件夹 `lib` ```bash mkdir lib ``` - 将make命令后新产生的文件 blas_LINUX.a 复制到 ./lib/ 文件夹下并重命名 ```bash cp blas_LINUX.a ./lib/libblas.a ``` - 注：产生的新文件总是叫`blas_LINUX.a`，独立于你所用的操作系统，只是叫这个名字而已。 ### 3.3 LAPACK - Lapack 即 Linear Algebra PACKage，是一个线性代数包，它提供了求解联立线性方程组，线性方程组最小二乘解，特征值问题和奇异值问题的例程，还提供了相关的矩阵因子分解（`LU`，`Cholesky`，`QR`，`SVD`，`Schur`，`广义Schur`），以及相关计算。 - 首先在网上下载压缩包：lapack.tgz[http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz] - 解压压缩包并进入新产生的 `lapack` 文件夹 - 复制 `make.inc.example` 文件为 `make.inc` ```bash cp make.inc.example make.inc ``` - 编辑 `make.inc` 文件，并修改相应编译器的标志为：(可以不做修改如果不报错的话) ```bash FORTRAN = gfortran OPTS = -O3 -ffree-line-length-none DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = LOADER = gfortran LOADOPTS = ``` - 接下来使用 `make lib` 命令来进行编译，这会花费一段时间。 ```bash make lib ``` - 将新产生的文件 `liblapack.a` 复制到 `./lib/` 文件夹下并重命名 ```bash cp liblapack.a basedir/lib/liblapack.a ``` - 注：产生的新文件可能叫 `lapack_LINUX.a`（官方教程产生的） ，也可能叫 `liblapack.a`（笔者电脑产生的） ### 3.4 GSL - 这是一个GNU数学函数库，该库提供了广泛的数学例程，如随机数生成器，特殊函数和最小二乘拟合。 - 首先下载压缩包 gsl-2.6.tar.gz[ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.6.tar.gz] - 解压压缩包并进入新产生的文件夹 - 运行配置文件： ```bash ./configure CC="gcc" --prefix=/opt/libraries/gnu8-gsl/2.7 --disable-shared --enable-static ``` - 注：`configure`命令的参数解释之 `--prefix`： 该参数指定了安装路径，这里我们把库安装在之前设好的`路径`下。 - 编译并安装 ```bash make make install ``` ### 3.5 FFTW 3 - FFTW（the Fastest Fourier Transform in the West）是一个C子程序库，用于计算一个或多个维度，任意输入大小，实数和复数数据的离散傅里叶变换（DFT） 首先下载压缩包 fftw-3.3.4.tar.gz[http://www.fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz] - 解压压缩包并进入新产生的文件夹 - 配置 ```bash ./configure --prefix=/opt/libraries/gnu8-fftw/3.3.8 CC="gcc" CFLAGS="-O3" F77="gfortran" F77FLAGS="-O3 -ffree-line-length-none" ``` - 编译并安装 ```bash make make install ``` ————————————————————————————————————————————————— ### 3.6 LibXC - 这是一个密度泛函理论(`DFT`)的交换关联泛函库，其中你可以找到不同类型的泛函，例如：`LDA`, `GGA`, `hybrids` 和 `mGGA`。 `Libxc`库也可以用于`Abinit`软件，目前最新版本为`6.1.0`。 - 首先下载压缩包 libxc-4.3.4.tar.gz[http://www.tddft.org/programs/octopus/down.php?file=libxc/4.3.4/libxc-4.3.4.tar.gz] - 解压压缩包并进入新产生的文件夹 - 配置 ```bash ./configure --prefix=/opt/libraries/gnu8-libxc/4.3.4 CC="gcc" CFLAGS="-O3" FC="gfortran" FCFLAGS="-O3 -ffree-line-length-none" ``` - 如果您没有使用稳定版本的tarball，您需要先使用“autoreconf -fi”生成configure文件。这个命令将重新生成configure文件，以便它可以适应您的环境和软件包的特定要求。在生成configure文件后，您可以运行“./configure”命令来配置软件包，并继续进行编译和安装。请注意，这个命令需要在源代码目录中运行，并且您需要安装autotools工具包才能使用它。 - 编译并安装 ```bash make make install ``` ## 4. 编译安装Octopus ### 4.1 Octopus 安装 *编译完这些库后，我们可以开始编译Octopus了* - 首先下载最新版本的Octopus：octopus-12.2.tar.gz - 解压压缩包并进入新产生的文件夹 - 定义几个环境变量，用来写配置脚本： ```bash export LIBS_BLAS=/opt/libraries/gnu8-blas/3.10.0/lib/libblas.a export LIBS_LAPACK=/opt/libraries/gnu8-lapack/3.9.1/lib/liblapack.a export LIBS_FFT=/opt/libraries/gnu8-fftw/3.3.8/lib/libfftw3.a ``` - 接下来写配置脚本： ```bash autoreconf -i ./configure --prefix=/opt/apps/octopus12.2 --with-gsl-prefix=/opt/libraries/gnu8-gsl/2.7 --with-libxc-prefix=/opt/libraries/gnu8-libxc/4.3.4 ``` - 注：`configure`命令的参数解释之 `--with` ：该参数指定了配置文件时去哪里寻找对应的库 - 编译并安装 ```bash make make install ``` - 如果一切都进展顺利的话，Octopus应该会成功安装在你一开始设定的 `路径` 文件夹内，可执行文件放在 `/opt/apps/octopus12.2` 文件夹内，接下来将其路径添加到环境变量里，以便你可以只输入 `octopus` 就可运行, 而非每次都要输入 `/opt/apps/octopus12.2/octopus` 才行。 ```bash export PATH=$PATH:/opt/apps/octopus12.2/bin/octopus ``` 最终整个软件的环境变量为（可能与前面的有差别，读者仔细阅读自行斟酌）： ```bash export LIBS_BLAS=/opt/libraries/gnu8-blas/3.10.0/lib/libblas.a export LIBS_LAPACK=/opt/libraries/gnu8-lapack/3.9.1/lib/liblapack.a export LIBS_FFT=/opt/libraries/gnu8-fftw/3.3.8/lib/libfftw3.a export GSL_HOME=/opt/libraries/gnu8-gsl/2.7 && \ export PATH=$GSL_HOME/bin:$PATH && \ export LD_LIBRARY_PATH=$GSL_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH && \ export LIBRARY_PATH=$GSL_HOME/lib:$LIBRARY_PATH && \ export INCLUDE=$GSL_HOME/include:$INCLUDE && \ export C_INCLUDE_PATH=$GSL_HOME/include:$C_INCLUDE_PATH && \ export MANPATH=$GSL_HOME/share/man:$MANPATH export LIBXC_HOME=/opt/libraries/gnu8-libxc/4.3.4 && \ export PATH=$LIBXC_HOME/bin:$PATH && \ export LD_LIBRARY_PATH=$LIBXC_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH && \ export LIBRARY_PATH=$LIBXC_HOME/lib:$LIBRARY_PATH && \ export INCLUDE=$LIBXC_HOME/include:$INCLUDE && \ export C_INCLUDE_PATH=$LIBXC_HOME/include:$C_INCLUDE_PATH && \ export OCTOPUS_HOME=/opt/apps/octopus12.2 && \ export PATH=$OCTOPUS_HOME/bin:$PATH && \ export LD_LIBRARY_PATH=$OCTOPUS_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH && \ export INCLUDE=$OCTOPUS_HOME/include:$INCLUDE && \ export MANPATH=$OCTOPUS_HOME/share/man:$MANPATH alias octopus='/opt/apps/octopus12.2/bin/octopus' ``` - 该软件的安装就完成了，接下来我们来测试一下。其中环境变量的设置可以写入 `~/.bashrc` 文件中，这样每次打开终端都会自动加载环境变量，不用每次都手动输入；也可以单独写为一个文件，之后使用软件时单独`source`该文件即可。 ### 4.2 简单例子运行测试 - 新建一空文件夹并进入，建立一个文件，命名为 `inp` ，并将其内容编辑为： ```bash CalculationMode = gs %Coordinates 'H' | 0 | 0 | 0 % Spacing = 0.25 * angstrom Radius = 4.0 * angstrom ``` - 注：文件只能命名为 `inp`， Octopus 只识别这个输入文件名 - 接下来试运行： ```bash octopus &> output ``` - 即可运行octopus并将输出结果重定向到新建的 output 文件中。 - 将会在产生一个 `output` 文件的同时产生一些文件夹：`exec`、 `restart` 和 `static`。 - 若只运行, 则输出会在屏幕上实时显示。 ```bash octopus ``` - 注：`&>` 表示将标准输出和错误输出都重定向到文件中，若只想重定向标准输出，可以使用 `>` ；若只想重定向错误输出，可以使用 `2>` 。 - 以下是`output` 文件输出内容（仅供参考）： ``` <><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><> ___ .-' `'. / \ | ; | | ___.--, _.._ |0) ~ (0) | _.---'`__.-( (_. __.--'`_.. '.__.\ '--. \_.-' ,.--'` `""` ( ,.--'` ',__ /./; ;, '.__.'` __ _`) ) .---.__.' / | |\ \__..--"" """--.,_ `---' .'.''-._.-'`_./ /\ '. \ _.-~~~````~~~-._`-.__.' | | .' _.-' | | \ \ '. `~---` \ \/ .' \ \ '. '-._) \/ / \ \ `=.__`~-. jgs / /\ `) ) / / `"".`\ , _.-'.'\ \ / / ( ( / / `--~` ) ) .-'.' '.'. | ( (/` ( (` ) ) '-; ` '-; (-' This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at your option) any later version. This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details. You should have received a copy of the GNU General Public License along with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA <><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><> Running octopus Version : 12.2 Commit : Build time : Sun May 7 09:37:39 EDT 2023 Configuration options : maxdim3 sse2 libxc_fxc libxc_kxc Optional libraries : Architecture : x86_64 C compiler : gcc C compiler flags : -g -O2 C++ compiler : g++ C++ compiler flags : -g -O2 Fortran compiler : gfortran (GCC version 8.3.0) Fortran compiler flags : -pipe -O3 -funroll-loops -ffast-math -ffree-line-length-none The octopus is swimming in master (Linux) Calculation started on 2023/05/09 at 07:09:08 ************************** Calculation Mode ************************** Input: [CalculationMode = gs] ********************************************************************** ******************************* Space ******************************** Octopus will run in 3 dimension(s). Octopus will treat the system as periodic in 0 dimension(s). ********************************************************************** Input: [PseudopotentialSet = standard] Reading Coordinates from Coordinates block ****************************** Species ******************************* Species 'H' type : pseudopotential file : '/opt/apps/octopus12.2/share/octopus/pseudopotentials/PSF/H.psf' file format : PSF valence charge : 1.0 atomic number : 1 form on file : semilocal orbital origin : calculated lmax : 0 llocal : 0 projectors per l : 1 total projectors : 0 application form : local orbitals : 16 bound orbitals : 1 ********************************************************************** ***************************** Symmetries ***************************** Symmetry elements : (i) (Cinf) (sigma) Symmetry group : Kh ********************************************************************** Input: [CurvMethod = curv_affine] Input: [DerivativesStencil = stencil_star] Input: [SpinComponents = unpolarized] Input: [SmearingFunction = semiconducting] Input: [SymmetrizeDensity = no] ******************************* States ******************************* Total electronic charge = 1.000 Number of states = 1 States block-size = 1 ********************************************************************** ************************** Parallelization *************************** Info: Octopus will run in *serial* ********************************************************************** Info: Generating weights for finite-difference discretization of x-gradient Info: Generating weights for finite-difference discretization of y-gradient Info: Generating weights for finite-difference discretization of z-gradient Info: Generating weights for finite-difference discretization of Laplacian ******************************** Grid ******************************** Simulation Box: Type = minimum Radius [b] = 7.559 Main mesh: Spacing [b] = ( 0.472, 0.472, 0.472) volume/point [b^3] = 0.10544 # inner mesh = 17077 # total mesh = 30461 Grid Cutoff [H] = 22.110166 Grid Cutoff [Ry] = 44.220331 ********************************************************************** Info: states-block size = 0.2 MiB Input: [StatesPack = yes] Input: [StatesOrthogonalization = cholesky_serial] Info: the XCFunctional has been selected to match the pseudopotentials used in the calculation. **************************** Theory Level **************************** Input: [TheoryLevel = kohn_sham] Exchange-correlation: Exchange Slater exchange (LDA) [1] P. A. M. Dirac, Math. Proc. Cambridge Philos. Soc. 26, 376 (1930) [2] F. Bloch, Z. Phys. 57, 545 (1929) Correlation Perdew & Zunger (Modified) (LDA) [1] J. P. Perdew and A. Zunger, Phys. Rev. B 23, 5048 (1981), modified to improve the matching between the low- and high-rs Input: [SICCorrection = sic_none] ********************************************************************** ****************************** Hartree ******************************* Input: [DressedOrbitals = no] The chosen Poisson solver is 'interpolating scaling functions' ********************************************************************** Input: [FilterPotentials = filter_TS] Info: Pseudopotential for H Radii for localized parts: local part = 1.9 b non-local part = 0.0 b orbitals = 8.8 b Input: [RelativisticCorrection = non_relativistic] Input: [DFTULevel = dft_u_none] Input: [MagneticConstrain = 0] ****************** Approximate memory requirements ******************* Mesh global : 0.5 MiB local : 1.2 MiB total : 1.6 MiB States real : 0.2 MiB (par_kpoints + par_states + par_domains) complex : 0.5 MiB (par_kpoints + par_states + par_domains) ********************************************************************** Info: Generating external potential done. Info: Octopus initialization completed. Info: Starting calculation mode. Info: Allocating ground state wave-functions Info: Blocks of states Block 1 contains 1 states: 1 - 1 Info: Ground-state allocation done. ** Warning: ** Could not find 'restart/gs' directory for restart. ** No restart information will be read. ** Warning: ** Unable to read wavefunctions. ** Starting from scratch! Input: [MixField = potential] (what to mix during SCF cycles) Input: [MixingScheme = broyden] Info: Mixing uses 4 steps and restarts after 20 steps. **************************** Eigensolver ***************************** Input: [Eigensolver = cg] Input: [Preconditioner = pre_filter] Info: Generating weights for finite-difference discretization of Preconditioner Input: [PreconditionerFilterFactor = 0.5000] Input: [SubspaceDiagonalization = standard] ********************************************************************** Input: [EigensolverSkipKpoints = no] Input: [LCAOStart = lcao_states] Input: [LCAOScaleFactor = 1.000] Input: [LCAOMaximumOrbitalRadius = 20.00 b] Info: Unnormalized total charge = 0.999707 Info: Renormalized total charge = 1.000000 Info: Setting up Hamiltonian. Info: Performing initial LCAO calculation with 1 orbitals. Info: Getting Hamiltonian matrix elements. ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 Eigenvalues [H] #st Spin Eigenvalue Occupation 1 -- -0.233499 1.000000 Info: Ground-state restart information will be written to 'restart/gs'. Info: SCF using real wavefunctions. Info: Starting SCF iteration. ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 1 ************************ etot = -4.47162815E-01 abs_ev = 1.12E-03 rel_ev = 4.78E-03 ediff = 4.47E-01 abs_dens = 5.51E-03 rel_dens = 5.51E-03 Matrix vector products: 4 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.234620 1.000000 ( 1.0E-02) Elapsed time for SCF step 1: 0.01 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 2 ************************ etot = -4.47913928E-01 abs_ev = 1.33E-04 rel_ev = 5.67E-04 ediff = 7.51E-04 abs_dens = 5.10E-03 rel_dens = 5.10E-03 Matrix vector products: 8 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.234487 1.000000 ( 1.6E-03) Elapsed time for SCF step 2: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 3 ************************ etot = -4.47846438E-01 abs_ev = 3.20E-04 rel_ev = 1.36E-03 ediff = 6.75E-05 abs_dens = 1.61E-03 rel_dens = 1.61E-03 Matrix vector products: 7 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.234168 1.000000 ( 1.9E-04) Elapsed time for SCF step 3: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 4 ************************ etot = -4.46399340E-01 abs_ev = 1.28E-03 rel_ev = 5.51E-03 ediff = 1.45E-03 abs_dens = 1.11E-03 rel_dens = 1.11E-03 Matrix vector products: 7 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.232885 1.000000 ( 1.6E-04) Elapsed time for SCF step 4: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 5 ************************ etot = -4.46409404E-01 abs_ev = 3.21E-05 rel_ev = 1.38E-04 ediff = 1.01E-05 abs_dens = 1.26E-04 rel_dens = 1.26E-04 Matrix vector products: 7 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.232917 1.000000 ( 4.3E-05) Elapsed time for SCF step 5: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 6 ************************ etot = -4.46589950E-01 abs_ev = 1.62E-04 rel_ev = 6.97E-04 ediff = 1.81E-04 abs_dens = 1.18E-04 rel_dens = 1.18E-04 Matrix vector products: 6 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233080 1.000000 ( 3.5E-05) Elapsed time for SCF step 6: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 7 ************************ etot = -4.46647763E-01 abs_ev = 4.58E-05 rel_ev = 1.96E-04 ediff = 5.78E-05 abs_dens = 7.06E-05 rel_dens = 7.06E-05 Matrix vector products: 8 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233125 1.000000 ( 1.6E-05) Elapsed time for SCF step 7: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 8 ************************ etot = -4.46634762E-01 abs_ev = 1.23E-05 rel_ev = 5.30E-05 ediff = 1.30E-05 abs_dens = 7.34E-06 rel_dens = 7.34E-06 Matrix vector products: 6 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233113 1.000000 ( 9.6E-06) Elapsed time for SCF step 8: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 9 ************************ etot = -4.46624331E-01 abs_ev = 9.23E-06 rel_ev = 3.96E-05 ediff = 1.04E-05 abs_dens = 8.08E-06 rel_dens = 8.08E-06 Matrix vector products: 6 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233104 1.000000 ( 6.8E-06) Elapsed time for SCF step 9: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 10 ************************ etot = -4.46629561E-01 abs_ev = 4.73E-06 rel_ev = 2.03E-05 ediff = 5.23E-06 abs_dens = 3.57E-06 rel_dens = 3.57E-06 Matrix vector products: 7 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233108 1.000000 ( 4.1E-06) Elapsed time for SCF step 10: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 11 ************************ etot = -4.46629612E-01 abs_ev = 9.81E-09 rel_ev = 4.21E-08 ediff = 5.11E-08 abs_dens = 3.40E-07 rel_dens = 3.40E-07 Matrix vector products: 11 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233108 1.000000 ( 3.9E-07) Elapsed time for SCF step 11: 0.02 ********************************************************************** ETA: .......1......2.......3......4......5.......6......7.......8......9......0 *********************** SCF CYCLE ITER # 12 ************************ etot = -4.46629384E-01 abs_ev = 1.83E-07 rel_ev = 7.84E-07 ediff = 2.28E-07 abs_dens = 2.71E-07 rel_dens = 2.71E-07 Matrix vector products: 9 Converged eigenvectors: 0 # State Eigenvalue [H] Occupation Error 1 -0.233108 1.000000 ( 2.0E-07) Elapsed time for SCF step 12: 0.03 ********************************************************************** Info: Writing states. 2023/05/09 at 07:09:09 Info: Finished writing states. 2023/05/09 at 07:09:09 Info: SCF converged in 12 iterations ** Warning: ** Some of the states are not fully converged! Info: Number of matrix-vector products: 86 Info: Finished writing information to 'restart/gs'. Calculation ended on 2023/05/09 at 07:09:09 Walltime: 00.780s Octopus emitted 3 warnings. ```